Karczoch jest warzywem, który raczej nie jest atakowany przez choroby oraz szkodniki. Zdarzają się jednak choroby grzybowe, a samo warzywo lubią ślimaki.
Aby nie martwić się o naszą uprawę, trzeba na początku rozważnie i dokładnie przygotować i oczyścić pole, na którym będzie się znajdował nasz karczoch. Resztki pożniwne oraz chwasty mogą być idealnym nośnikiem zarodników grzybów.
Materiał rozmnożeniowy powinien pochodzić ze sprawdzonego źródła. Jeśli sami pozyskujemy go z własnej uprawy, pamiętajmy o zachowaniu odpowiednich warunków higieny. Wykorzystywanie rękawiczek, jak i odkażonego sprzętu jest oczywiste, aby wykluczyć zakażenia pochodzące z naszych plantacji.
Starajmy się oglądać nasze rośliny. Rozpoznanie we wczesnej fazie szkodników czy chorób powoduje, że często zupełnie możemy się pozbyć problemu, usuwając i paląc chorą lub uszkodzoną roślinę zanim zakazi ona inne okazy.
Starajmy się unikać sadzenia roślin z rodziny kapustowatych w okolicy karczocha. Kapustę, brokuł, kalafior czy kalarepę ślimaki wręcz uwielbiają. Bardzo szybko mogą przez to przenieść się również na uprawę karczocha. Warto także stosować płodozmian i nie sadzić po sobie na tym samym miejscu karczochów, to może prowadzić bardzo szybko do tzw. zmęczenia gleby. Jeżeli nasza plantacja sąsiaduje z takimi roślinami, można zastosować siatki ochronne o gęstych oczkach. Zakłada się ją na całą plantację. Dzięki temu ani ślimaki ani inne szkodniki nie mają prawa przedostać się bezpośrednio na roślinę.